La Palude del Capitano ricade all'interno del Parco Naturale Regionale Porto Selvaggio – Palude del Capitano a Sant'Isidoro marina di Nardò, un sito di elevata valenza ambientale per le sue emergenze vegetali e geomorfologiche.

Questo specchio acqueo di palude ha solo il nome, si tratta in realtà di una spunnulata che è una realtà geologica endemica di questo tratto di costa jonica del Salento.

Il fenomeno del carsismo genera delle cavità sotterranee che in alcuni casi si aprono in superficie a causa dello sfrondamento (da qui il nome spunnulata) della volta della grotta.

All'interno di questo specchio acqueo si mescolano l'acqua salata proveniente dal mare e l'acqua dolce della falda freatica offrendo riparo e habitat ad una moltitudine di specie animali come cefali e spigole che risalgono dal vicino mare attraverso le condotte sotterranee e qui crescono indisturbati i giovanili.

Tutto intorno al comprensorio di Sant'Isidoro e nelle marine di Nardò crescono importantissime piante, come la solicornia, il limonio endemico salentino e il rarissimo Spinaporci (Sarcopoterium spinosum).

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